На оси Y два мотора.
Настроены как мастер Y и подчиненная ось A.
Всё работает отлично и пара YA крутится синхронно.
По оси Y установлен концевик.
При поиске HOME, в момент срабатывании концевика, ось Y останавливается,
в то время как подчиненная ось A продолжает крутиться.

Где в Mach3 это можно настроить, что бы подчиненная ось останавливалась вместе с ведущей.

В настройках включи А home на тот же концевик что и У home.

Спасибо, разобрались!
А еще Mach3 регулирует ведущую и подчиненную ось независимо, с целью выровнять портал.
По-этому, на каждый мотор оси нужен свой концевик.