Вот решаю задачу, и довольно коряво, имхо.

Предположим, я вручную привел станок в какую-то точку. По Х и У здесь должен быть ноль заготовки.
А теперь, опуская Z до касания (писк мультиметра на фрезе и детали) - надо установить ноль и там.

Как (в G-кодах) это оптимизировать? Предположим, я вместо мультиметра заведу на какой-то пин ЛПТ порта сигнал типа Touch probe...

Х и У - это надо G10 использовать, а потом G54.

А Z?

Как правильнее обнуляться по заготовке?

Да так же и Z. Если у вас один инструмент, то вас интересует точка касания инструмента верхней грани заготовки (если она ровная) или стола -- он вроде всегда должен быть ровным :)

Я в EMC через G38.2 и G92 это делаю

например так

Обычно в таких случаях используют команду G92 (программная привязка инструмента). Я ее использую на станках, в ПО которых мне лень разбираться, просто вывожу инструмент в точку, где должен быть ноль и в начале УП прописываю G92 X0 Y0 Z0. Но все зависит от системы управления.